L'histoire de Biarritz s'identifie dès le XIIe siècle à celle de l'église Saint-Martin. Le premier document d'archives de Biarritz est de 1160, le seigneur Gassion de Biarritz, de la famille de Bellay, abandonne ses droits seigneuriaux (parts de dîmes, d'offrandes, de taxes diverses) levés sur Saint-Martin, en faveur de l'évêque de Bayonne. Son descendant de 1200, Vidal de Bellay, offre aux chanoines de cet évêché sa dîme de la chair de cachalot. L'église Saint-Martin (de quand date la première paroisse, dédiée, comme tant d'autres en France, à l'apôtre des Gaules ? On ne le saura sans doute jamais) est élevée dans le quartier du Haut de la localité, celui des champs et de peuplement paysan, différent du quartier du Bas, du port. La "Communauté de Saint-Martin" est synonyme de communauté de Biarritz, dirigée par un Maire-Abbé (un notable, laïque, portant un titre répandu en Béarn et en Labourd) renouvelable tous les ans, aidé de quatre jurats représentant quatre quartiers de Biarritz et douze députés, élus et réélus tous les deux ans, tous siégeant dans la salle commune qui se trouve au-dessus du porche de Saint-Martin. C'est dans cette salle que se tient également la première école de la ville, c'est là qu'un coffre, dont le Maire-Abbé a les clefs, garde tous les papiers officiels de la communauté. Il en est ainsi au long de l'Ancien Régime. Sur tous les revenus de la ville (mille habitants au XIIIe siècle puis deux mille cinq cents à trois mille vers 1789), trente livres annuelles sont données au curé pour les catéchismes, cent livres pour les messes quotidiennes, soixante livres au vicaire pour les prières conjurant la grêle et l'orage, et deux cent livres à l'instituteur qui doit être également le chantre de toutes les messes, cérémonies et vêpres. Dans l'église, les seigneurs de Bellay ont "droit de siège", leur chapelle intérieure, leurs grilles, les sépultures.
Cette vie collective (civile et religieuse mêlée) s'exprime dans l'église, élevée au XIIe siècle dans le style gothique ogival aquitain, restauré en 1541 (un cartouche sur un pilier de la nef le rappelle), ornée en 1630 d'un blason fleurdelysé. Napoléon III et l'impératrice Eugénie au XIXe siècle ont fait orner de peintures et dorures les voûtes (restaurées en 1995). Cette église gothique (qui a des vitraux du XIXe siècle dans le choeur, du XXe siècle dans la nef) a cependant une tribune pour les hommes au-dessus du narthex, rappel de la tradition basque et surtout sa façade, rectiligne, blanche ou de crépi clair, doit le demeurer ainsi, car longtemps elle servait de repaire aux marins du large, qui la voyait de loin alors que rien n'était construit entre ce haut quartier et les falaises et les plages. La communauté de Saint-Martin avait ses cagots, comme toutes les localités du Labourd et des Pyrénées Occidentales, population marginale qui avait sa petite porte et son bénitier particulier, et qui ne devait pas s'avancer dans la nef ; mais une visite Épiscopale de 1710 a ordonner d'élever les enfants des cagots dans le catéchisme, mêlés à tous les autres petits biarrots. Saint-Martin est restée paroisse principale, lorsque les autres édifices ont été construits ; aujourd'hui, dans la vaste paroisse Notre-Dame-du-Rocher, le curé de Saint-Martin est le "modérateur" de tous les "relais paroissiaux".
En effet, aux XIXe et XXe siècles, Biarritz, devenu station impériale, royale, aristocratique, choisie par toutes les sociétés de France et d'Europe pour des résidences saisonnières ou pour toute l'existence, s'est développée dans sa démographie (dix mille habitants, trente mille habitants), son économie, et s'est étendue sur les près, les champs, les bosquets, les falaises. Il a fallu transformer en églises des petites chapelles anciennes, et créer de nouveaux lieux de culte.
Le couple impérial Napoléon III – Eugénie s'installe à Biarritz aux vacances de 1854, et crée dans les terrains de la Villa Eugénie sa chapelle Impériale, Notre-Dame-de-la-Guadeloupe, qui a une histoire particulière et son culte catholique aux anniversaires des évènements de l'Empire. Près du Port-Vieux, se trouvait une chapelle, Notre-Dame-de-Pitié, dans les terrains des seigneurs de Bellay ; cette chapelle, vétuste et démolie en 1855, est à l'origine de la nouvelle église Sainte-Eugénie, dans le quartier du Bas, autour des ports et des plages, de peuplement de marins, commerçants, hôteliers, très différent de celui du Haut, église prévue et édifiée à partir de 1889, inaugurée en 1903. Sainte-Eugénie est de style néo-gothique, a une crypte, un clocher (tardif, de 1931). Elle est très redevable du ministère du curé Gaston Sarre de 1894 à 1936, un curé très actif, nationaliste et royaliste qui a multiplié un peu partout dans l'église les fleurs de lys en pierre ou en mosaïque, et fait représenter dans la nef de part et d'autre du grand autel deux files de saints et de saintes de France. Biarritz, et notamment par la famille de Bourbon-Parme et par la reine Nathalie de Serbie, dont les bonnes oeuvres seraient à rappeler dans toutes les créations de la ville ; on leur doit l'installation des Petites-Soeurs-des-Pauvres en 1882, et le pensionnat de Notre-Dame-de-Sion au moment de la Première Guerre Mondiale. En 1892 s'établissent les frères Dominicains, dont la chapelle devient en 1965 l'église Saint-Joseph rattachée à la paroisse Sainte-Eugénie. Et puis viennent les Servantes de Marie espagnoles, et les soeurs de Saint-Vincent-de-Paul ; au début du XIXe siècle les avaient précédées, dans la forêt de Chiberta à Anglet les Servantes de Marie ; et puis ces Servantes de Marie créent à Biarritz l'école Sainte-Marie et les Frères-des-Ecoles-Chrétiennes l'école de l'Immaculée Conception, enfin les pères de Saint-Louis-de-Gonzague s'installent à Biarritz comme à Bayonne.
Toutes ces écoles et communautés ont des chapelles, mais Biarritz doit avoir dans cette fin du XIXe siècle, des paroisses individualisées. C'est ainsi que naît en 1898, d'une chapelle, l'église Saint-Charles, inaugurée en 1909, la troisième paroisse de Biarritz, dans le quartier du Gaz et de La Rochefoucaud. Et la quatrième est celle du quartier de La Négresse, de la gare et des lacs Mouriscot et Marion, Sainte-Thérèse, en 1932, agrandie en 1949 et 1952. Encore faut-il y ajouter la chapelle de Saint-Esprit, de Parme, qui dépend de Saint-Martin.
Les anglais, les russes, des gens de confession anglicane, protestante, orthodoxe, israélite, ne peuvent être oubliés. Têtes couronnées ou gens de toutes sociétés, ils sont tous nombreux à Biarritz. Les anglicans ont leur église Saint-Andrew's, rue Broquedis près des Halles en 1858 et 1878, néo-gothique, inaugurée en 1878 par l'évêque de Londres et par la princesse Frederika de Hanovre l'une des filles de la Reine Victoria. Les protestants ont leur temple en 1884 dans le haut de la rue Peyroloubilh, grâce à l'action du pasteur Cadier (du consistoire d'Orthez) et de la comtesse de Nadaillac qui était née Delessert, d'une famille calviniste. Les orthodoxes ont leur église en face du Palais Eugénie, au bas du "quartier des russes", celle de La Protection-de-Notre-Dame et de Saint Alexandre Nevsky , en 1892, sous la présidence du Grand Duc Michel le frère du tsar Alexandre III. Les juifs russes (puis mêlés aux juifs Sépharades de Bayonne et actuellement originaires surtout d'Afrique du Nord) ont leur synagogue, rue de Russie, inaugurée et terminée de 1892 à 1904.
Les églises et lieux de cultes résument ainsi à Biarritz toute l'histoire de la cité. Les principaux noms des acteurs des évènements biarrots se retrouvent dans le cimetière de Saint-Martin et, dans cette église, sur la nef devant l'autel de la Vierge, se trouve une grande mosaïque, le monuments aux morts de la guerre 1914-1918, portant les deux cent cinq noms biarrots tués dans ce conflit, en colonnes de part et d'autre d'un drapeau français enroulé autour d'une grande croix.