L'édifice actuel, de style néo-gothique, a été construit, entre 1898 et 1903 à l'instigation de l'abbé Gaston Larre et à la place d'une première chapelle dédiée à sainte Eugénie datant de 1856 de style romano-byzantin.
Le plan converge vers l'autel et le tabernacle. Une procession des saints orne les murs qui conduisent à l'autel. Le visiteur remarquera les fleurs de lys, motif ornemental omniprésent. Il s'agit d'un symbole marial à relier avec la consécration de l'église à la Vierge Marie et à sainte Eugénie.
Un ex voto, maquette du Brick « La Mathilde », est suspendu au milieu de la nef.
L'orgue récemment rénové s'est enrichi d'une chamade antiphonale située au dessus de la porte d'entrée.
Le tympan présente les différents saints protégeant la ville au centre Notre Dame du Bon Secours (en souvenir de l'ancienne chapelle des pêcheurs) avec l'enfant Jésus sur ses genoux, à sa droite saint Martin, patron de Biarritz, l'archange saint Gabriel, et à sa gauche sainte Eugénie portant l'épée instrument de son martyre et l'archange saint Michel.
En entrant, à droite, on remarque une statue de Notre Dame du Mont Carmel et les bénitiers, coquilles géantes, provenant de Manille.
Détails sur l'orgue de Sainte Eugénie